Situado no centro de Lisboa, pode chegar ao Instituto da Próstata de carro, de metro ou de autocarro.

Existem vários parques na zona, podendo estacionar, perto do Instituto, nos parques do Centro Comercial Castil (Edifício Castil, acesso pela Rua Castilho, 39, um pouco abaixo do Instituto) ou do Hotel Ritz (acesso pela Rua Castilho, 77). Existe ainda estacionamento pago em toda a Rua Castilho e ruas circundantes (EMEL). Recomendamos o estacionamento na Rua Castilho, junto ao Parque Eduardo VII (isto é, a norte da Rua Joaquim António de Aguiar), onde geralmente existem mais lugares de estacionamento do que mais a sul. Em alternativa, pode estacionar na parte da Rua Castilho, mais a sul, já depois do cruzamento com a Rua Braamcamp (mais perto do Hotel Altis).

A estação de Metro mais perto do Instituto da Próstata é a do Marquês de Pombal (saída para o lado da Rua Braancamp ou Rua Joaquim António de Aguiar).

Existem diversas paragens de diversas linhas de autocarros da Carris, junto ao Instituto da Próstata (203, 702, 711, 712, 713, 723, 736, 742, 746, 748, 753, 1704, 1716, 1723, 1724, 1726, 1730, entre outras que param junto à rotunda do Marquês de Pombal).